জনপ্রশাসন মন্ত্রণালয়ের অধীন একটি সংযুক্ত দপ্তর হিসেবে বাংলাদেশ সিভিল সার্ভিস প্রশাসন একাডেমি ২১ অক্টোবর ১৯৮৭ তারিখে যাত্রা শুরু  করে। ১৯৭৭ সালে সিভিল অফিসার্স ট্রেনিং একাডেমি (COTA) হিসেবে রূপান্তরিত  হওয়ার পূর্ব পর্যন্ত এই একাডেমি গেজেটেড অফিসার্স ট্রেনিং একাডেমি  (GOTA) হিসেবে পরিচিত ছিল। সিভিল অফিসার্স ট্রেনিং একাডেমি এবং গেজেটেড অফিসার্স ট্রেনিং একাডেমি উভয়ই বাংলাদেশ সিভিল সার্ভিসের সকল ক্যাডার কর্মকর্তাদের প্রশিক্ষণ  কেন্দ্র হিসেবে পরিচালিত  হত। প্রতিষ্ঠার পর কিছু সময়, এই একাডেমি কেবল বাংলাদেশ সিভিল সার্ভিস প্রশাসন ক্যাডারের নবনিযুক্ত এবং মধ্য পর্যায়ের কর্মকর্তাদের প্রশিক্ষণ  প্রদানে নিয়োজিত ছিল। পরবর্তীতে একাডেমি, ১৯৯৭ সালে পৃথক ফরেন সার্ভিস একাডেমি প্রতিষ্ঠার পূর্ব পর্যন্ত বাংলাদেশ সিভিল সার্ভিস ফরেন এফেয়ার্স ক্যাডার কর্মকর্তাদের প্রশিক্ষণ  প্রদানের দায়িত্ব পালন করেছে। প্রাথমিকভাবে এই একাডেমি ৪ জন অনুষদ সদস্য নিয়ে কার্যক্রম আরম্ভ করে। বর্তমানে অনুষদ সদস্য এবং সহায়ক কর্মীদের সংখ্যা ১২০ জন। একাডেমি,  সর্বপ্রথম  ২১ অক্টোবর ১৯৮৭ হতে ৩০ জানুয়ারী ১৯৮৮ তারিখ পর্যন্ত তিন মাস মেয়াদি আইন ও প্রশাসন কোর্সের মাধ্যমে যাত্রা আরম্ভ করে। উক্ত কোর্সে বাংলাদেশ সিভিল সার্ভিস প্রশাসন ক্যাডারের ৫৭ জন কর্মকর্তা অংশগ্রহণ করেছিলেন।

সরকারের অতিরিক্ত সচিব জনাব এ.জেড. এম. শামসুল আলম বাংলাদেশ সিভিল সার্ভিস প্রশাসন একাডেমির প্রথম মহাপরিচালক হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন। মহাপরিচালক পদটি ৩১ মার্চ ২০১৩ তারিখে রেক্টর হিসেবে পরিবর্তিত হয়েছে।